调查发现，仁爱礁礁坪和潟湖坡区域造礁石珊瑚覆盖面积大幅下降，非法“坐滩”军舰周边降幅尤为明显；非法“坐滩”军舰附近存在大量珊瑚礁碎块和死亡的珊瑚；潟湖坡处的造礁石珊瑚种类数和覆盖率明显低于向海坡一侧；礁区大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡，非法“坐滩”军舰周边尤为严重；仁爱礁礁区海水中重金属、活性磷酸盐（以磷计）和油类含量明显高于历史记录；仁爱礁礁区散布有渔网等各类人为弃置物。
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