军舰在“坐滩”过程中会对礁盘产生剧烈撞击、切割和摩擦，致使船舶搁浅轨迹区内珊瑚礁和大型底栖生物遭到毁灭性破坏，形成的大量珊瑚礁碎块在船体周边堆积，受海流和波浪作用，这些珊瑚礁碎块和碎屑又覆盖或掩埋了附近的珊瑚和底栖生物，另外，由于珊瑚礁碎块翻滚，又阻碍了珊瑚幼虫的附着和生长。这些因素叠加，抑制了非法“坐滩”军舰周边受影响区域珊瑚的生长与恢复，特别是受外力影响大的分枝状珊瑚生长。在受影响区域内，即使有新生少量珊瑚，也多为抗冲击、抗浪性好的小型团块状珊瑚。
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