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《报告》也显示，仁爱礁礁区的大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡，非法“坐滩”军舰周边尤为严重。在礁区布设的所有13个生态站位均少见珊瑚礁生态系统中广泛分布的甲壳类、双壳类、腹足类等经济型生物，仅在距离非法“坐滩”军舰较远的RA13站位发现有甲壳类生物。从距离非法“坐滩”军舰较近的RA05、RA06站位分析看，上述经济型生物的栖息密度较其他站位要低。
自然资源部南海生态中心主任李团结介绍说，25年来，非法“坐滩”军舰长期有人看守，菲船舶、飞机定期为其补给物资。同时，舰上人员焚烧和弃置生产生活垃圾、排放污水；菲渔船和舰上人员频繁在仁爱礁海域开展渔业活动；菲非法运送建筑材料，不断对非法“坐滩”军舰进行加固、给船体涂刷油漆；2017年以后，菲在非法“坐滩”军舰甲板上不断搭建临时设施，约90%的甲板已被覆盖。目前，非法“坐滩”军舰船体已经破败不堪、锈迹斑斑，多处出现破损。
调查发现，仁爱礁礁坪和潟湖坡区域造礁石珊瑚覆盖面积大幅下降，非法“坐滩”军舰周边降幅尤为明显；非法“坐滩”军舰附近存在大量珊瑚礁碎块和死亡的珊瑚；潟湖坡处的造礁石珊瑚种类数和覆盖率明显低于向海坡一侧；礁区大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡，非法“坐滩”军舰周边尤为严重；仁爱礁礁区海水中重金属、活性磷酸盐（以磷计）和油类含量明显高于历史记录；仁爱礁礁区散布有渔网等各类人为弃置物。
