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调查发现，仁爱礁礁坪和潟湖坡区域造礁石珊瑚覆盖面积大幅下降，非法“坐滩”军舰周边降幅尤为明显；非法“坐滩”军舰附近存在大量珊瑚礁碎块和死亡的珊瑚；潟湖坡处的造礁石珊瑚种类数和覆盖率明显低于向海坡一侧；礁区大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡，非法“坐滩”军舰周边尤为严重；仁爱礁礁区海水中重金属、活性磷酸盐（以磷计）和油类含量明显高于历史记录；仁爱礁礁区散布有渔网等各类人为弃置物。
监督结果。行政机关收到检察机关提请抗诉通知书后，组织了专家研讨，经研究认可检察机关监督意见，拟自行纠正行政行为，希望检察机关促进化解。为减轻诉累，及时回应企业关切，检察机关组织召开座谈会，搭建行政和解平台。促成印刷公司、徐某与行政机关达成和解。原行政处罚决定不再执行，行政机关向法院撤回强制执行申请，法院裁定终结本案执行，并解除失信、限高等强制执行措施。印刷公司、徐某向检察机关撤回监督申请。检察机关审查认为，双方行政争议已实质性化解，且不损害国家利益、社会公共利益以及其他人合法权益，决定终结审查。
检察机关依职权调取剩余的200页病历资料，初步判断杨某入院抢救48小时内的临床表现基本符合脑死亡的先决条件和临床判定标准。鉴于脑死亡结论性医学诊断具有较高专业性，为准确认定杨某脑死亡的时间，某市检察院委托该院检察技术部门进行技术性证据审查。检察技术部门在全市范围内选聘5名资深神经医学专家，对杨某全部住院病历资料进行专门审查，并形成会诊意见，一致认为：杨某因脑干出血破入脑室引起深度昏迷，具有不可逆性，自2021年7月25日21时22分至宣布临床死亡，临床表现为深昏迷（格拉斯哥昏迷指数为3分）、脑干反射消失、无自主呼吸，符合脑死亡的先决条件和临床判定标准；虽然杨某尸体不复存在，已不具备确认实验及司法鉴定条件，但综合分析病历资料，并结合主治医生建议杨某家属捐献杨某肝脏的事实，可以得出“杨某入院抢救48小时内脑死亡已经发生”的诊断结论。在此基础上，该院检察技术部门对专家会诊意见进行鉴别和判断，出具技术审查意见认为：杨某2021年7月25日16时30分入院，后经两次开颅手术，仍存在不可逆昏迷；7月27日9时30分，杨某病程记录记载自主呼吸消失，瞳孔散大，临床诊断为脑干出血、脑疝、脑干功能衰竭，根据病历资料分析，可以判定杨某入院抢救48小时内脑死亡已经发生。
