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调查核实。青岛市检察院依法受理，与某区检察院组建办案组，开展调查核实：1.委托青岛市印刷行业协会调查印刷公司印刷机的年用溶剂用墨量。2.调取印刷公司的电费缴费收据。3.组织青岛科技大学法学院、山东大学法学院就法律适用问题进行专题论证。4.与行政机关进行沟通、座谈。查明：印刷公司印刷机年用溶剂用墨在1.5-2.5吨之间（满负荷状态下），属于年用低VOCs含量油墨10吨以下的印刷范围。自2017年7月成立以来，仅有11个月电费超过5000元，结合印刷机功率，可以判断出在这11个月中印刷业务量较大。
2020年10月，十三届全国人大常委会第二十二次会议专题听取最高检关于人民检察院适用认罪认罚从宽制度情况的报告，对检察机关落实认罪认罚从宽制度工作给予充分肯定。2020年12月1日，最高检下发通知，就全国人大常委会对检察机关适用认罪认罚从宽制度情况报告的审议意见提出十个方面28条贯彻落实意见，要求各级检察机关对照审议意见和专项报告要求，有针对性加强和改进工作，推动认罪认罚从宽制度更高质量、更好效果适用。
调查发现，仁爱礁礁坪和潟湖坡区域造礁石珊瑚覆盖面积大幅下降，非法“坐滩”军舰周边降幅尤为明显；非法“坐滩”军舰附近存在大量珊瑚礁碎块和死亡的珊瑚；潟湖坡处的造礁石珊瑚种类数和覆盖率明显低于向海坡一侧；礁区大型底栖无脊椎动物种群结构出现失衡，非法“坐滩”军舰周边尤为严重；仁爱礁礁区海水中重金属、活性磷酸盐（以磷计）和油类含量明显高于历史记录；仁爱礁礁区散布有渔网等各类人为弃置物。
2024年4月~6月，自然资源部南海生态中心联合自然资源部南海发展研究院，采用卫星遥感和现场调查方式，对仁爱礁珊瑚礁生态系统状况进行了调查评估。该评估使用2011~2024年高分辨率卫星遥感影像反演了礁盘底质类型，计算了20米以浅礁盘面积和不同底质类型覆盖面积；沿礁盘周缘设置18个调查站位，开展了珊瑚群落、礁栖生物、生境和人类活动等4大类共75项要素的调查。